Viviendo felizmente en un planeta muy lejano, los LocoRoco y sus amigos, Mui Mui, ayudaban a que creciera vegetación y cuidaban de la naturaleza, haciendo del planeta un lugar agradable para vivir, jugar y cantar todos los días, pero un día el ejército Moja llegó del espacio exterior e invadió el planeta. Como los LocoRocos no saben como pelear contra ellos el jugador asume el rol de "planeta", pudiendo inclinar el entorno para mover a los LocoRoco y así poder vencer a los Mojas y salvar el planeta. El jugador además conocerá muchos personajes a lo largo de la aventura, los cuales pueden ser buenos o malos.